Până în prima jumătate a secolului al XVIII-lea comunitatea ortodoxă din Cluj a folosit biserica cea mai apropiată de oraș, anume aceea din Someșfalău, unde se făceau de altfel și înmormântările reprezentanților de vază ai acestei comunități. Ca urmare a edictelor iozefine de toleranță religioasă, în ultimele decenii ale secolului al XVIII-lea s-au așezat în Cluj mai mulți negustori români, greci și macedo-români veniți de la Brașov, ceea ce a dus la întărirea comunității ortodoxe.
În anul 1788 negustorii Ioan Constantin și Ienache Mavrodin au adresat magistratului orașului (primarului), în numele tuturor ortodocșilor din oraș, cererea de a li se aproba construirea unei biserici. La 31 martie 1789 comisarul regal, contele Adam Teleki, a intervenit pe lângă consiliul orășenesc, solicitând rezolvarea cererii în conformitate cu edictele de toleranță. La 6 aprilie 1789 consiliul orașului a respins cererea, motivând că edictele prevăd acordarea aprobării construcției unei biserici doar comunităților care numără cel puțin 100 de familii de credincioși.
Printr-o nouă cerere, adresată Cancelariei Aulice de la Viena (secțiunea pentru Transilvania a Cancelariei Imperiale), comunitatea ortodoxă a solicitat aprobarea construirii unei biserici în afara zidurilor orașului, unde nu se mai întindea competența magistratului orășenesc. În data de 14 februarie 1780 Cancelaria Aulică de la Viena a aprobat construcția și a eliberat autorizația.
Protestul formulat de Sfatul Clujului (consiliul orășenesc) la data de 5 august 1790, care critica autorizația drept un act menit să favorizeze întărirea comunității românești, a rămas fără efect, așa încât negustorii ortodocși au achiziționat terenul necesar construirii bisericii chiar la mică distanță de zidurile cetății Clujului. Lucrările de construcție au demarat în 1795 și au durat până în 1796
Prima liturghie a fost oficiată în biserică în ziua de Crăciun a anului 1796, de către preotul Ilie Fulea, sosit la Cluj în 1792. Primul preot al bisericii a consemnat pe Liturghierul tipărit în 1797 la București, liturghier aflat în colecția bisericii: „Tuturor cărora se cuvine a ști arăt că această sfîntă biserică din Cluj s-au făcut în zilele împăratului Francisc al Romei și al Ardealului Prinț [principe], în anul 1795 și întâi preot eu am fost, care întîi eu am slujit Sf. Liturghie întrînsa cu toată inima în frica Dumnezeirii, luînd mulți tămăduire și m-am transfereluit în Bălgrad în fundușul meu [proprietatea mea funciară]. Cluj, 25 august 1803. Ilie Fulea
