Idea unei gradini botanice la Cluj a fost lansata inca din secolul XVII de catre umanistul Apácai Csere János.
Prima gradina botanica din Cluj s-a deschis insa in secolul XIX, in Gradina Mikó (actuala locatie a Facultatii de Geografie si a Muzeului Zoologic), pe domeniul donat de Mikó Imre Societatii Muzeului Ardelean. In 1872 gradina (“care cuprinde aproape toate soiurile de arbori si arbusti Ardealului” conform documentului donatiei) a fost data in grija universitatii clujene pentru 50 ani; primul director (“gardian” cum i s-a spus atunci) a fost polihistorul Brassai Sámuel. Statuia fondatorului Mikó, dezvelita in 1899, se afla si azi in gradina.
In 1905 directorul la acea vreme, Richter Aladár, a convins statul maghiar sa achizitioneze locatia actuala a gradinii in scopul extinderii. Din pacate razboiul Mondial a impiedicat inaugurarea, extinderea a fost terminata abia in 1923 sub conducerea lui Alexandru Borza, el insusi membru al Societatii Muzeului Ardelean (chiar si in perioada interbelica, o raritate datorita conditiilor politice). Noua gradina a fost initial rezervata cercetatorilor; si-a deschis portile publicului larg in 1925. Azi cuprinde peste 11 mii de soiuri de plante.
