Situația s-a schimbat după 1989. Universitatea Babeș-Bolyai a încorporat patru facultăți de teologie inițiate de biserici - Ortodoxă, Greco-Catolică, Romano-Catolică, Reformată. Instituția a devenit universitatea europeană cu cele mai diversificate studii teologice (teologie pastorală în trei facultăți, formare de profesori și asistenți sociali în cele patru). După 1993, ea a fructificat împrejurarea că municipiul este, foarte probabil, urbea cu cea mai mare diversitate de lăcașe de cult din Europa, iar Transilvania poate fi concurată doar de câteva regiuni de pe continent, sub aspectul pluralității confesiunilor.
La data preulării Rectoratului (30 martie 1993), teologiile Ortodoxă și Greco-Catolică semnaseră deja, în baza noilor reglementări guvernamentale, intrarea în universitate, iar în primul meu mandat am integrat, cu cooperarea ierahilor și a decanilor Galfi Zoltan și Tanko Jozsef, Teologia Reformată și, respectiv, Teologia Romano-Catolică (hotărârea nr. 8095/1996). Rectoratul a emis actul de înființare a Institutului de Studii Iudaice „dr. Moshe Carmilly" (nr.8282/1994)), pe care l-a pus sub directoratul renumitului istoric Ladislau Gyemant. În acest fel, s-a creat o configurație de excepție în Europa: universitatea clujeană dispunea de toate unitățile ce pot aborda calificat fundamentele iudeo-creștine ale culturii europene.
Să integrezi teologia pastorală în universitate nu este ceva de la sine înțeles în epoca modernă. O problemă ține de rigorile oricărei biserici, mai ales ale Bisericii Ortodoxe și ale Bisericii Romano-Catolice. Tânărul care îmbrățișează preoția are nevoie de o dedicare către cele sfinte care, în mod normal, îl face indisponibil pentru o seamă dintre satisfacțiile lumești, din care ceilalți cetățeni se împărtășesc fără rețineri.
O problemă venea din mentalitatea unor cercetători, care credeau că prezența teologilor va limita dezbaterea științifică din universitate. Erau cercetători care nu știau că iudaismul și creștinismul trecuseră de mult pragul ce lăsase în urmă opoziția la cunoașterea științifică și la democrația modernă. O asemenea opoziție era de mult în muzeu.
O altă problemă era viziunea unor oameni ai bisericilor, care se temeau că discuția deschisă, ce ține de esența universității, ar afecta însușirea dogmaticii, la rândul ei normală în teologie. Evident, parametrii dialogului științe-filosofie-teologie erau deja stabiliți în cultura contemporană. În fapt, tocmai teologii de vârf din lume au devenit astăzi campionii promovării ambițioase a rațiunii.
Următoarea problemă era infrastructura. Aceasta avea să se rezolve în timp. Facultatea de teologie ortodoxă, grație aportului ierarhilor, a fost reamplasată (în clădirea nou construită, din Str. Nicolae Ivan, proiect inițiat de Rectorat, nr.23002/2008). Teologiei greco-catolice i s-a restituit - după acțiuni ale ierarhilor și ale Rectoratului - clădirea ce-i aparține de drept din perioada interbelică (din Str. Ion I.C. Brătianu, nici acum eliberată, însă). Teologiei reformate i s-a alocat spațiu într-o clădire achiziționată (din Str. Horia), iar teologia romano-catolică a fost amplasată într-o clădire istorică a Bisericii Romano-Catolice (Str. Iuliu Maniu). Pentru Institutul de studii iudaice s-a achiziționat o fostă sinagogă (Str. Croitorilor, clădirea Chas Evra).
În sfârșit, o altă problemă era selectarea de profesori care să facă față exigențelor mult crescute ale teologiei și să fie capabili nu numai să oficieze la botezuri, nunți, înmormântări, ci și să poată promova viziunea teologiei în controversele timpului nostru. Trebuia făcut un pas hotărât înainte chiar în tradiția transilvăneană - în sensul racordării la dezbaterile teologico-filosofico-științifice ale timpului nostru.
Sunt probleme ce s-au rezolvat de către Rectorat și decanatele respective. Contribuția unor decani dedicați, precum Alexandru Morariu, Ioan Ică Sr., Vasile Leb, Ioan Chirilă, de la teologia ortodoxă, Tertulian Langa, Anton Goția, Virgil Bercea, de la greco-catolici, Molnar Ianos, Buzogany Deszo, de la reformați, Marton Jozsef, Noda Mozes, de la romano-catolici, și, firește, aportul ierarhilor au fost esențiale. Ca rector, a fost un avantaj să cooperez cu ierarhi care erau ei înșiși personalități culturale profilate. Arhepiscopul Bartolomeu tocmai încheia monumentala traducere în românește a Bibliei și a putut vorbi, în Aula Magna, despre o experiență intelectuală crucială. Arhiepiscopul Jacubinyi avea studii la celebrul Collegium Germanicum de la Roma și a putut aborda, într-o conferință de neuitat, în Aula Magna, erorile traducerilor internaționale din Biblie. Episcopul Szabo a reprezentat elocvent vestita tradiție a unitarienilor. Episcopul reformat Csiha dispunea de un calibru spiritual aparte. Episcopul Cristoph Klein investiga precis impactul în economie al reformaților lutherani. Toți au sprijinit proiectul de a transforma UBB într-un centru de valoare și recunoaștere internațională al dezbaterilor teologice, pe care l-am articulat imediat după asumarea Rectoratului. Acest proiect a putut fi pus în aplicare cu concursul prorectorilor Magyari Andras, Nicolae Bocșan, Szilagy Paul, Nicolae Coman, Wolfgang Breckner, Nicolae Paina, Vasile Cristea, Cristina Ciumaș, Pompei Cocean, care s-au ocupat îndeaproape de facultățile menționate.
Nivelul cel mai înalt al manifestărilor teologice s-a atins la Cluj-Napoca în anii 1995 -2012. Dovezile sunt numeroase. Bunăoară, teologia ortodoxă și-a amplificat conexiunile internaționale mai mult decât orice facultate analogă din țară. Am avut ca oaspeți teologi din prima linie, precum profesorul Constantin Scouteris(Atena), mitropolitul Zizulas, patriarhul Bartolomeu, dar și pe cardinalul Spidlik sau cunoscutul testamentist Ulrich Luz. Am asigurat contacte directe cu personalitățile cele mai înalte ale catolicismului contemporan: fostul cardinal Ratzinger, devenit Papa Benedict al XVI-lea (2005-2013), la Roma, cardinalul König (la Viena), cardinalii prefecți Kasper și Poupard, cardinalii primați Erdö și Schönborn, teologul de renume mondial Hans Küng, cardinalul Angelo Scola (care avea să ajungă la Cluj-Napoca în 2013) și alții. Cu sprijinul cardinalului prefect Grocholewsky, am organizat, împreună cu Theodor Berchem și Jan Sadlak, reuniunea internațională „ A trăi în adevăr (Living in Truth)" la UBB, care a rămas o referință europeană. Pentru prima dată, rectorul universității Gregoriana a vizitat România, profesorul Ghirlanda fiind foarte edificat asupra valorii internaționale a experienței de la UBB. S-a intrat în legături cu vârfurile teologiei protestante din zilele noastre, precum teologul de pondere mondială Pannenberg, profesorul Günther Wenz sau episcopul Bocskei. Studiile iudaice au atras personalități de vârf ale iudaismului contemporan, precum marele rabin de Paris, Sirat, sau marea rabină a Vienei, Goodman-Thau, și vârfuri ale vieții intelectuale evreiești, precum Shlomo Avineri, Moshe Idel sau Robert Wistrich, și ale istoriografiei evreiești, precum Carol Iancu. S-a inițiat Centrul de Bioetică în cooperare cu Universitatea Sacro Cuore (Milano), cu participarea celui mai proeminent specialist european, Antonio Pesina. Arhivele perioadei, documentele tipărite în „Buletinul Informativ" (editat de Rectoratul UBB în 1993-2012) sunt, în orice caz, mărturia multor inițiative majore care au avut în centru facultățile teologice clujene.
Organizarea a patru facultăți de teologie la UBB, la care s-a atașat Institutul de Studii Iudaice, a fost un succes istoric sub cel puțin două aspecte strâns legate - unul instituțional, altul intelectual - care s-a bucurat de recunoaștere internațională.
Pe de o parte, pentru prima oară au fost aduse în aceeași instituție, pe baza liberei opțiuni, teologiile clujene ce fuseseră separate de o lungă tradiție. Facultățile au funcționat autonom, conform reglementării care a prezidat atunci, deciziile de învățământ majore fiind luate, ca oriunde în cazul teologiilor, prin consens, de către rector și de ierarhul cel mai înalt în rang eclezial. Simbolistica ecumenică a atins, cred, maximumul, în 2003, în Aula Magna a universității din Viena, în cadrul unei acțiuni realizate în cooperare de UBB și Universitățile din Cracovia (Polonia) și Viena. Spre completa uimire a asistenței, corurile reunite ale celor patru facultăți de teologie din Cluj-Napoca au cântat împreună, în română, maghiară, germană și latină, cântece din repertoriul ortodox, catolic și reformat.
Pe de altă parte, în raport cu diferite înețelegeri restrictive ale relației științe-filosofie-teologie, am dezvoltat ideea interacțiunii a trei grupuri de discipline diferențiate și cu rigori distincte, care pretinde credință profundă, dar și exercițiul rațiunii, susținut de cultura cea mai vastă cu putință. Nici religia nu-și poate etala potențialul de ameliorare a destinului uman fără rațiune și cultură, chiar dacă începe cu credința personală. În această optică, teologiile clujene au putut conta, în lumea anilor 1995-2012, și ca loc al unei semnificative experiențe intelectuale și larg culturale.
Facultățile de teologie clujene au dat, până în 2012, un impuls spre reflecție care a depășit zidurile lor. Mai mulți specialiști din științele naturii, filosofie, științele sociale s-au simțit îndemnați să reflecteze asupra temelor proprii luînd în seamă, în același timp, viziunea religiei. Ca rector, a trebuit să articulez o optică asupra interacțiunii actuale științe-filosofie-teologie, relației dintre „Isus eschatologic" și „Isus istoric", legăturii dintre creștinism și iudaism, fundamentelor culturale ale Europei, impactului religiei în schimbări, importanței moralei fundamentată religios în societate și altele. Rezultatul major a fost volumul Religia în era globalizării (2003), urmat de Teologia și Philosophia Hodie (2008) și Absolutul astăzi. Teologia și filosofia lui Joseph Ratzinger (2009), inițierea traducerilor în românește din cardinalul Ratzinger și din Hans Küng și, desigur, răspunsul la numeroase solicitări onorante/ De pildă, conferințe la Universitatea Gregoriana (2009), la Academia Hillel din Paris (2006), desemnarea ca expert al agenției universitare a Vaticanului (2009), ca responsabil al evaluării internaționale a prestigioaselor facultăți iezuite de la Paris (2010), invitarea ca speaker la instituții de la Viena (2006), Maribor, Berlin, ca speaker de onoare în Catedrala din Poznan (2013) și multe altele. Un grup de la UBB a fost primit în audiență la Sfântul Scaun. „Medalia Ierusalimului" (2001), „Medaliile pontificale", din partea papilor Ioan Paul al II-lea (2005) și Benedict al XVI-lea (2009), și „Crucea patriarhală", din partea Patriarhului Daniel (2012), m-au onorat aparte. (Din volumul Andrei Marga, Anii inovării, în curs de publicare).
